Plus résolument tourné vers la botanique, héritier du jardin royal des plantes médicinales créé par Louis XIII en 1635, le jardin des Plantes accueille le public depuis près de quatre cents ans.

On y déambule parmi les statues, les "arbres au quarante écus" ou Ginkgos biloba, un sophora du Japon planté en 1747 et une vingtaine d’arbres plus que centenaires, dont un cèdre du Liban planté en 1734 par Bernard de Jussieu lui-même. On grimpe sur le belvédère, au sommet d’une butte baptisée Labyrinthe, pour s’embrasser ou embrasser la vue. On croise des ribambelles d’écoliers venus traquer les dinosaures ou s’initier au jardinage. On explore les serres, le potager pédagogique, le jardin alpin, la roseraie, le jardin d’iris, le jardin de roches et de pivoines.

Le Cabinet d’Histoire porte bien son nom, c’est le lieu intime où le Muséum retrace sa riche histoire et offre au public, lors d’expositions trimestrielles, l’occasion d’admirer ses merveilles. On peut notamment y découvrir des pièces de sa collection de vélins.