Le musée occupe sur la place Fürstenberg une partie de l'appartement où le peintre finit ses jours ainsi que son atelier qui s'ouvre sur un jardin privatif. C'est en 1857 qu'Eugène Delacroix, malade et fatigué, décide de quitter le quartier de Notre-Dame de Lorette pour se rapprocher de l'église Saint-Sulpice dont il avait été chargé de décorer la chapelle des Saints-Anges considérée comme son testament spirituel. Après sa mort le 13 août 1863, divers locataires occupent l'appartement jusqu'au moment où il est question de détruire l'atelier pour bâtir un garage. C'est alors que deux peintres, Maurice Denis et Paul Signac, grands admirateurs de Delacroix, ainsi que diverses personnalités, constituent une Société des Amis d'E. Delacroix pour empêcher cette destruction sacrilège. En 1951, l'immeuble est mis en vente. Privée des capitaux nécessaires, la Société vend ses collections à l'Etat et se porte acquéreur des lieux. En 1954, elle en fait don à l'état qui prend l'engagement d'y créer un musée. Dans un cadre intimiste, le musée, récemment rénové, propose une approche personnelle de l'oeuvre du maître à travers une sélection de peintures, dessins, aquarelles, pastels, esquisses, études préparatoires, ainsi que des lettres et des photographies de son entourage (Baudelaire, T. Gautier, G. Sand, L. Riesener). Cet ensemble permet de mieux appréhender la richesse créatrice d'une des grandes figures de la peinture française.

Depuis 2004, le musée Eugène Delacroix, rattaché administrativement au musée du Louvre, présente les mêmes critères de gratuité et les mêmes tarifs concernant l'accueil des groupes et les activités culturelles que ceux du musée du Louvre.