L'Eglise Saint-Louis des Invalides (incluant l'Eglise des Soldats et l'Eglise du Dôme) dont la voûte est ornée des trophées militaires de la France, abrite le caveau des gouverneurs où reposent de nombreux gouverneurs des Invalides, des maréchaux de France et des grands chefs militaires. L'église, consacrée, est aujourd'hui le siège du vicariat aux armées françaises. Les grandes orgues de l'église ont été construites entre 1679 et 1687 et restaurées de 1955 à 1957. Leur buffet a été réalisé par le "menuisier ordinaire du Roy" Germain Pilon, selon un dessin d'Hardouin-Mansart. Aujourd'hui, de nombreuses célébrations et événements culturels sont toujours organisés dans l'église. Elle sert chaque année de cadre à des messes commémoratives parmi lesquelles la messe anniversaire de la mort de Napoléon Ier, le 5 mai, et en septembre la messe anniversaire de la fondation de l'Hôtel.